Untuk mendukung Visi dan Misi LPP Mangrove dalam perlindungan, pengawetan dan pemanfaatan mangrove lestari maka berbagai macam program telah dilaksanakan, seperti kegitan penelitian dan pengembangan, Pemberdayaan Masyarakat, Rehabilitasi mangrove, pendidikan lingkungan, pameran, seminar/lokakarya/diskusi, dan program pendukung lainnya.

Program yang telah dan sedang berjalan antara lain :
- Penelitian dan Pengembangan
- Pemberdayaan Masyarkat
- Pendidikan Lingkungan
- Rehabilitasi Mangrove (aspek teknis perencanaan, pengadaan bibit, penanaman dan pemeliharaan)
- Pameran
- Seminar/lokakarya/diskusi